Родилась 12 июля 1944 года на Украине, в поселке Мироновка, Старченсковского района Киевской области. Окончила среднюю школу № 3 в 1961 году. После переезда родителей в город Сальск стала работать пионервожатой в школе № 2. С 1962 по 1967 год училась в г. Ростове-на-Дону в педагогическом институте. После института работала 10 лет в деревне Саловка Оренбургской области и селе Романовка Сальского района Ростовской области. С 1978 года работала в г. Сальске в СПТУ-83 (ныне Сальский казачий кадетский профессиональный лицей) преподавателем химии и биологии до выхода на пенсию около 20 лет.

Стихи Лидии Агафоновой впервые были напечатаны в газете «Сальская степь» в 2002 году. Это были стихи о Сальске к юбилею города. Печатались стихи также в газетах «Степная лира», «Наше тысячелетие», «Компас».

Большим событием для Лидии Георгиевны был выход в свет в 2003 году сборника стихов сальских поэтов «Звенят степные колокольчики», где было напечатано 24 её стихотворения разных лет под названием «Летят журавли в поднебесье...». Тематика стихов очень разнообразна.

В 2007 году стихи Лидии Агафоновой вошли в еще один сборник сальских поэтов «Сальские рассветы». Это стихи «Городок наш степной», «Я стихи свои пою», «Говорят, что душа не стареет».

В 2009 Лидия Георгиевна издает свой сборник стихов «Во имя добра». В книге 16 разделов, тематика стихов очень разнообразна. Пишет о любви, нежности, верности, восхищается  степными просторами. Большой цикл стихов посвящен Великой Отечественной войне, Дню Победы, ветеранам.

Во второй книге Лидии Агафоновой «Время жить», которая вышла в 2013 году, собраны стихи о степной стороне, сальской природе, раздумья о жизни, а также басни, притчи, анекдоты, не вошедшие в предыдущие книги.

В 2015 году вышла книга «Басни, притчи, анекдоты, шуточные стихотворения», где автор решила собрать все, что печаталось в предыдущих книгах и издать отдельным сборником, дополнив ее новыми произведениями. В книге собрано более 50 басен.

В 2016 году сальскими поэтами, членами литературно-музыкального клуба «Вдохновение» был подготовлен сборник стихов «Кораблик «Вдохновение», куда вошли новые стихи Лидии Агафоновой: «О жизни»,  «Надежда на счастье», «Женщине», «Мои стихи».

На стихи Лидии Георгиевны местные композиторы  написали песни. В. А. Стадникова песни «Былого не вернуть» и «Душевный сундучок», Г. Н. Горбунов песни «Лидуша», «Вера в доброту» и «Красная девица».

Лидия Георгиевна Агафонова умерла 24 сентября  2018 году после тяжелой болезни.